Фредерик Маршман Бейли родился в Лахоре 3 февраля 1882 года в семье английского офицера Фредерика Бейли. Ф. М. Бейли получил образование в Веллингтоне и Сент-Хёрст. Начал военную службу в Индийской армии с 1900 года. Участвовал в английских экспедициях в Гималаях. В 1904 году в качестве младшего офицера, владеющего тибетским языком, в составе экспедиции полковника Френсиса Янгхазбенда, посланной лордом Керзоном, побывал в городе Лхаса. Позже его одиночные поездки в неисследованные области Тибета и Китая принесли ему Золотую медаль – наивысшую награду Королевского географического общества. Неизвестный ранее вид гималайского голубого мака был назван его именем.
С 1905 года по 1938 год он служил в так называемой Индийской политической службе – подразделении Индийской гражданской службы, являвшейся одним из подразделений британской колониальной администрации в Индии до 1947 года.
Впоследствии он был переведен на службу в Индийский политический департамент, организацию которая в годы англо-русского соперничества в Центральной Азии занималась политической и военной разведкой на сопредельных с Россией территориях. Между 1905 и 1909 годами Бейли занимал должность британского торгового агента, являвшейся прикрытием для политической разведки, в Гаянце в южном Тибете. В 1911 году он вошел в состав Британской карательной экспедиции в северном Ассаме в качестве офицера разведки, а в 1914 году был удостоен престижнейшей медали Мак-Грегора, названной в честь бывшего главы разведки Индийской армии, за исследовательский вклад в дело обороны Индии.
Летом 1914 года капитан Бейли находился в отпуске в Шотландии. Он прочитал лекцию в Королевском географическом обществе о своих путешествиях, был посвящён королём Георгом V в кавалеры ордена Индийской империи, а затем был послан во Францию с Индийским Экспедиционным корпусом. Через несколько недель на фронте он был ранен немецким снайпером в руку, и был эвакуирован в госпиталь в Англию. После выздоровления снова был прикомандирован к Индийской армии, но в этот раз был послан в Галиополи с 1-м и 5-м отрядом непальских Гуркхов. Там он был дважды ранен – ему прострелили обе ноги, после чего он опять попал в госпиталь в Лондоне.
После этого он продолжил службу в качестве офицера разведки Персии в маленьком городке Шуштаре, где занимался противодействием против турецких и немецких агентов, пытавшихся вести среди местных племен пропаганду против Великобритании.
В начале 1918 года Бейли возглавил британскую разведывательную миссию, посланную в Ташкент через Кашмир и Кашгар в Китайском Туркестане.
Бейли установил дружеские связи с представителями антибольшевистского подполья в Ташкенте. Со своей стороны советские спецслужбы считали, что истинной целью и намерениями миссии была подготовка и организация вооружённого восстания в Туркестане против советской власти, снабжение повстанческих отрядов деньгами и оружием из ближайших к Туркестану английских баз (Мешед, Кашгар, Афганистан).
28 сентября 1918 года сэр Джордж Маккарни и Блйэкер, второй член английской миссии подчиненный Бейли, отбыли из Ташкента назад в Кашгар. В Ташкенте остался Ф. Бейли со своим слугою, индусом Хан-Назаром Ифтикором. Поскольку миссия имела полуофициальный статус, а положение обострялось в связи с деятельностью антибольшевистского подполья, Бейли получил приказ вернуться в Индию. Туркестанского правительство стало затягивать с выдачей необходимых для возвращения документов.
В какой-то момент по решению ЧК Бейли был подвергнут домашнему аресту и обвинён в финансировании басмачского движения в Ферганской долине. Сам Бейли это категорически отвергал, а затем, по ходатайству комиссариата иностранных дел был освобождён из-под ареста, хотя за ним и была установлена слежка. Вслед за этим Туркестанское правительство по радиотелеграфу запросило Москву на предмет разрешения на его арест. С помощью друзей из антибольшевистского подполья Ф. Бейли узнал о полученном из Москвы приказе о своём немедленном аресте. Будучи заранее готовым к такой ситуации, 1 ноября 1918 года он, переодевшись в форму австрийского военнопленного, исчез из поля зрения советских спецслужб.
Позднее Бейли удалось на некоторое время выбраться из Ташкента. Затем он вернулся обратно, где с помощью бывшего австрийского военнопленного Мандича, занимавшего должность заместителя заведующего 2-м отделением Военного контроля, устраивается в эту службу под видом австро-венгерского военнопленного и убеждённого коммуниста. В этот момент в самой ташкентской ЧК считали, что Бейли находится в Бухаре, откуда руководит антибольшевистским подпольем Туркестана. На самом деле Ф. Бейли из Ташкента отправляется в Бухару лишь через некоторое время. Причём делает это по заданию ташкентского Военного контроля, поручившего проведение контрразведывательной операции против английских агентов, находившихся при дворе Бухарского эмира. Из Бухары Ф. Бейли, наконец, удаётся успешно добраться] в Мешхед к генералу У. Маллисону.
После своего успешного возвращения из Советской России Бейли уехал в отпуск домой в Великобританию, где он женился на Ирме Козенс-Харди, принадлежавшей к аристократической семье. Затем он вместе с женой вернулся в Индию, где продолжил свою работу в Индийской политической службе, сначала служащим в Сиккиме, отвечавшим за Тибет и Бутан.
У супругов Бейли не было детей.
В 20-е годы (1922—1924 г.г.) Бейли был английским резидентом (Political officer) в Сиккиме. Там его посетил Н. К. Рерих, впоследствии хорошо о нём отзывавшийся. Только по недавно найденным документам стало известно, что именно донесения Бейли сыграли немалую роль в том, что американская экспедиция Рериха в Тибет 1927/28 была на пять зимних месяцев задержана тибетскими властями, считалась пропавшей и едва не погибла.
Затем Бейли продолжил службу в качестве резидента в Кашмире и, наконец, в качестве британского министра в Непале.
В 1938 г. Бейли с женой вернулся в Великобританию, в Норфолк. Здесь он много занимался своей коллекцией бабочек, ставшей знаменитой, которая сейчас находится в музее в Нью-Йорке.
Также, будучи любителем собак, Бейли после своего возвращения в Европу, завез на Британские острова новую породу собак Лхаса Апсо, выведенную в Тибете. Название этой породы собак — «Лхаса Апсо», в переводе с тибетского языка дословно значит «бородатая собака из Лхасы. Бейли в этот период не только был активным собаководом, но и принимал участие в выставках собак, где являлся неизменным судьёй в жюри.
К началу Второй мировой войны, будучи уже достаточно пожилым человеком, Бейли не участвовал в боевых действиях на фронтах Второй мировой войны, но помогал в организации одного из партизанских формирований, которое Черчилль планировал использовать для войны против нацистов в случае оккупации ими Великобритании.
В качестве личного посланника короля Великобритании Бейли поехал в Соединенные Штаты Америки и занимался перевозкой секретных донесений между посольствами Великобритании в Центральной Америке и Вашингтоном.
Фредерик Маршман Бейли умер в апреле 1967 г. в возрасте 85 лет в деревне Стиффки в графстве Норфолк.
Некролог о его смерти, помещённый в газете «Таймс», предварялся словами: Полковник Ф. М. Бейли – исследователь и секретный агент.
В глазах своих соотечественников Бейли всегда выглядел героем, а в глазах советских историков – злостным врагом советской власти.
Помимо книги «Миссия в Ташкент» Бейли также написал ещё две книги, в которых он рассказывал о своих путешествиях по Тибету.
Также сам Бейли стал главным «антигероем» романа советского писателя Бруно Ясенского «Человек меняет кожу» (1933), под именем «инженера Мурри».